Deux grandes puissances maritimes se retrouvent alors en présence. Dans le but de réglementer le partage du Nouveau Monde, et afin d'éviter d'éventuels futurs conflits, issus de la découverte des Amériques, le 7 juin 1494 un traité international est établi. Il s'agit du fameux traité, de Tordesillas, qui sous l'œil de la papauté, limite les ambitions de l'Espagne en l'obligeant à partager le « Nouveau Monde » avec le Portugal. Le traité disposait que la ligne de démarcation était établie à trois cent soixante-dix lieues à l'ouest des îles du Cap-Vert. Ce qui se trouvait à l'est de cette ligne revenait au Portugal, ce qui était à l'ouest, avec les îles Canaries, revenait à la couronne espagnole, tandis que Madère, Porto Santo, les Açores et les îles du Cap-Vert, avec le droit de navigation au sud du parallèle des Canaries, revenaient au royaume du Portugal. Le Brésil, découvert par Pedro Alvares Cabral, après la conclusion du traité, tombait de fait sous souveraineté portugaise.

Dans ce traité, le Portugal se limitait à coloniser les terres jusqu'à 2 000 k à l'ouest des îles du Cap-Vert. A l'époque personne ne connaissait les contours exacts du Nouveau Monde, et donc le Brésil n´était pas nommément inclus dans ce découpage, permettant plus tard au Portugal de le revendiquer. L'Espagne avait le champ libre pour coloniser de nouveaux territoires. Le traité de Tordesillas, n'était pas vraiment connu ou reconnu des autres états, mais pendant un siècle, la suprématie navale de l'Espagne et du Portugal, suffiront à en garantir le respect.

Les Espagnols auront été les premiers à s'installer sur les terres d'Amérique. Dans un premier temps, ils occupent aux Antilles l'île Hispaniola, l'une des plus grandes, (aujourd'hui Haïti et la République Dominicaine) où ils pensent trouver de l'or, mais les recherches ne sont pas à la hauteur de leurs espoirs.

Ils apprennent alors des Indigènes que sur le continent se trouvent de grandes richesses en métaux précieux et décident de se lancer à la conquête du continent, quelques quinze ans après la mort de Christophe Colomb. Commence alors la colonisation espagnole de la terre ferme d'Amérique. Hispaniola, leur base aux Antilles, sera la seule colonie peuplée par les Espagnols pendant 18 ans.

Le Mexique et le Pérou seront les deux premiers pays à être colonisés.
Cortès débarque en 1519, à Veracruz. Malgré de grandes difficultés et des dissensions dans le camp des conquistadores, il parviendra à faire tomber l'empire aztèque et à s'emparer du Mexique.
Les Espagnols, Pizarro et Amalgro arrivent au Pérou en pleine révolte inca, ce qui leur facilitera la conquête de l'empire.
En moins de vingt ans, c'est l'effondrement des deux principaux empires de l'Amérique latine.L'empire Aztèque dominait la plus grande partie du Mexique. Suite à des extensions de territoire, il était d'une grande prospérité à l'arrivée des Espagnols.
L'Empire Inca, le plus vaste empire de l'Amérique précolombienne, s'étendait sur près de 4 000 km de long, depuis l'actuelle Colombie, au nord, jusqu'à l'actuel Chili.
Du Mexique, les conquistadores partiront à la découverte du Guatemala, Honduras, Costa Rica, Panama. Des expéditions s'aventureront jusqu'au Nord du Mexique et de la Basse Californie. Plus tard, durant le XVIe siècle, les Espagnols découvriront des terres américaines qui s'étendent de la Californie et de la Floride jusqu'à la Terre de Feu.

La colonisation du Nouveau Monde commence en 1510. Le roi d'Espagne décide de diviser ce monde en deux parties, d'un côté le Mexique, l'Amérique Centrale jusqu'à Panama, de l'autre la moitié de l'actuelle Colombie, supposée être plus riche, incluant les futures mines d'or du Choco, le long du rio Choco.

L'Espagne s'installe durablement sur les terres conquises, elle met en place des dirigeants à elle, ce sera la naissance d'un nouveau peuple métissé, les "Criollos", assurant l'influence espagnole en Amérique. Pour les Espagnols, la présence missionnaire fait partie intégrante de la conquête de l'Amérique centrale et méridionale, les Espagnols ne conçoivent pas une administration espagnole sans y inclure les institutions cléricales. De nombreux missionnaires espagnols débarquent en Amérique, franciscains, dominicains, mercédaires, augustins, puis jésuites...