L'explorateur Pedro Álvares Cabral débarque le 22 avril 1500, à sa suite arrivent les navires portugais. Alors que l'Empire Espagnol se caractérise par la mise au pouvoir de dirigeants de leur pays sur les terres conquises, les Portugais s'intéressent surtout au commerce. Dans un premier temps ils fondent des stations maritimes, établissent de simples comptoirs pour collecter les marchandises et notamment le bois de Pernambouc, dont on extrait une teinture; ces marchandises sont envoyées à Lisbonne qui devient un grand entrepôt où l'Europe vient se fournir. Jusque vers 1560, le Portugal tirera d'importants revenus de son commerce, la colonisation à proprement parler du Brésil ne commence qu'en 1532 avec la fondation de São Vicente.

Après l'exploitation et le commerce des marchandises, commence l'industrie de la canne à sucre, employant une main d'oeuvre amérindienne, qui s'avèrera très vite insuffisante. Les maladies apportées par les Européens ont petit à petit décimé la population indienne. Pour obtenir de la main-d'œuvre supplémentaire, aussi bien pour les plantations que pour les mines, les Portugais amènent des esclaves noirs d'Afrique. Ils ont hérité de l'Afrique au traité de Tordesillas, ce qui en fait les premiers fournisseurs et explique que la traite des esclaves ait été beaucoup plus massive au Brésil que dans l'Amérique espagnole. L'importation d'esclaves noirs africains, sous un climat tropical favorable à cette culture, feront de cette région le foyer de peuplement le plus important du Brésil jusqu'à la fin XIXe. Plus au sud, les comptoirs portugais connaissent des difficultés et sont souvent menacés par les tribus indiennes.

L'intérêt tout particulier que le roi du Portugal porte aux Indes orientales, le fait négliger les possessions brésiliennes, dont il confie la gestion à de grands seigneurs. Ces grands capitaines administrent, avec des pouvoirs militaires et judiciaires, une douzaine de capitaineries. Ils font la loi sur des territoires ayant de 180 à 600 km de façade maritime, distribuent des terres aux colons et fixent même certains impôts. De là naîtront de vastes domaines sucriers, regroupés autour de l'habitation principale du maître du domaine, gardien du moulin à sucre. Tout autour, sont rassemblées les cabanes des Noirs qui travaillent sur le domaine.

Comme en Espagne, les missionnaires, venus sur les mêmes bâtiments que les conquistadores, ont joué un rôle prépondérant dans l'éducation, l´évangélisation et la formation des terres portugaises. Au Brésil, la première compagnie de Jésuites s'établit en 1549, année de la fondation de la ville de Salvador de Bahia en tant que capitale du territoire. Elle le restera jusqu'en 1763.
Les missions jésuites se sont implantées dans la zone frontière entre l'Espagne et le Portugal. Elles compteront plus d'une centaine de villages indigènes, depuis le sud du Brésil, l'actuelle Bolivie, l'Uruguay, l'Argentine, le Paraguay, le Pérou, la Colombie et le Venezuela. Trente villages guaranis sont ainsi regroupés sur une partie du territoire Guaranis.

Le roi du Portugal tente de reprendre en main les pouvoirs et en 1548 nomme un gouverneur général, qui résidera à Salvador de Bahia, et plus tard à Rio de Janeiro. Le premier gouverneur 1549-1553 fait construire de nouvelles villes et confie aux jésuites des missions de protection des Indiens ainsi que leur éducation. Cette politique de centralisation aidera à repousser les étrangers, hollandais ou français, qui tentent de s'installer sur les côtes.

En 1554, les Jésuites fondent la ville de Sao Paulo, ce qui laisserait à penser que la colonisation de l'intérieur du pays avait déjà commencé. En fait, la région des plateaux était déjà occupée par des aventuriers, les "bandeirantes", chasseurs d'esclaves qui s'attaquaient aux missions jésuites pour reprendre les Indiens et les réduire en esclavage.

Après la découverte de l'or, à Ouro Preto en 1694, et dans les départements de Minas Gerais, du Mato Grosso et du Goiás, les bandeirantes deviennent chercheurs d'or et de pierres précieuses. Au XVIIIe, le Brésil deviendra le premier producteur d'or du monde. C'est l'essor de la région; des villes surgissent près des exploitations minières, de grands domaines agricoles se consacrent aux cultures vivrières, de nouvelles pistes muletières sont tracées, des gîtes sont créés pour la population.

La mise en valeur des mines nécessite une main d'œuvre croissante, on assiste alors à l'abandon des plantations de canne à sucre et à une extraction minière non contrôlée, qui ajoutée aux exigences de l'administration royale, conduira à l'épuisement des gisements. La région de Rio de Janeiro bénéficiera de cette exploitation, car, du fait de sa position géographique, elle est le débouché le plus direct des pays miniers. En 1763, Rio supplantera comme capitale la ville de Bahia.

L'élevage est le nouveau cycle qui succède aux cycles du sucre, XVIe et XVIIe et à celui de l'or et des pierres précieuses. La population n'est toujours pas très dense, mais elle est mieux répartie ce qui facilite l'expansion de l'élevage. Aux XVIIe et XVIIIe, grâce aussi aux colons venus des Açores, on aura une occupation continue des territoires.